L'irruzione

L'agente Donald Self conduce il gruppo nel loro quartier generale, non prima di aver fatto indossare a tutti delle cavigliere GPS. Qui è presente un altro detenuto, con cui ha gli stessi accordi, che prenderà parte all'operazione insieme alla squadra capitanata da Michael: Roland Glenn, un hacker asiatico. T-Bag insieme al suo "compagno" panamense vagano esausti per il deserto. Poco dopo, viene attaccato dall'altro uomo che, affamato, vuole ucciderlo per nutrirsi, ma T-Bag ha la meglio e, riluttante, decide di fare lo stesso. L'operazione di recupero di Scylla passa attraverso il riconoscimento dell'uomo a cui è affidata la scheda, denominato "Custode" e del suo autista, che Mahone ricorda essere sempre in disparte. Mahone, grazie all'aiuto di Donald, che gli fornisce una lista di possibili indiziati, riconosce l'autista del Custode e seguendolo, trovano l'abitazione del Custode. Sara avvicina la domestica di quella casa e le inserisce nella borsa un congegno ideato da Roland, che consente di avere traccia di ogni onda elettronica e di registrarne i dati. Michael con una telefonata riesce a far avvicinare la domestica alla stanza in cui è contenuta Scylla, in questo modo il congegno di Roland riesce ad imprimere i dati su di esso. Per recuperare il congegno, Bellick e Mahone fingono di rubare la borsa alla domestica ma, sfortunatamente, la stessa l'ha lasciato in casa considerandolo un oggetto del suo capo. Michael e Mahone, allora, s'introducono nell'abitazione, distraendo con un allarme le guardie e recuperano il congegno. T-Bag incontra due ragazzi su un quad e si fa dare un passaggio fino a San Diego, dove con le indicazioni contenute nel libretto sugli uccelli di Whistler recupera una documentazione comprendente un fascicolo, delle tessere e una chiave, dopodiché si dirige a Los Angeles. Wyatt, dopo aver indagato inutilmente in tutti i carceri federali alla ricerca dei fratelli Burrows, si presenta da Bruce Bennet per avere informazioni sul nascondiglio degli stessi. Inoltre, si scopre che Gretchen è ancora viva, imprigionata e torturata dallo stesso Wyatt perché convinto che sappia ancora qualcosa. Arrivati al quartier generale, Roland scopre che il contenuto di Scylla è solo una parte, e che per essere letto ha bisogno di altre parti, da qui il nome Scylla che indica un mostro mitologico a sei teste, come ricordato dal padre dei fratelli. Mancano quindi da recuperare altre cinque schede in mano ad altrettante persone sconosciute. La puntata si conclude con Michael, di fronte ad uno specchio, sanguinare dal naso.