Sara è viva

Tre settimane dopo la fuga da Sona, Michael va in cerca di Whistler e Gretchen/Susan per vendicarsi della morte di Sara. Whistler, per conto della Compagnia, deve recuperare una scheda, con l'aiuto di Gretchen e Mahone, che si finge un autista. Fingendo di volerla acquistare per 50 milioni $, Whistler riesce a recuperarla ed uccide coloro che l'avevano sottratta alla Compagnia. Michael, dopo aver elaborato un piano e lasciato le sue memorie, trova Whistler nell'intento di fare una copia della scheda all'insaputa di Gretchen. Quando la donna compare, Michael cerca di ucciderla, ma si ferma quando scopre che Sara è ancora viva. Alcuni giorni prima, il carcere di Sona ha preso fuoco e tra i detenuti che sono riusciti a fuggire vi sono T-Bag, Bellick e Sucre. Sucre e Bellick riescono a passare il confine e viaggiano insieme fino a casa, ma quando Fernando si reca all'ospedale per vedere sua figlia appena nata viene catturato dalla polizia assieme all'ex guardia carceraria. T-Bag, tramite un contatto panamense, assolda degli uomini per attraversare il confine ed andare in cerca di Michael per vendicarsi di lui, ma viene tradito e lasciato nel deserto assieme all'uomo che gli aveva organizzato il viaggio. Pur ferito, il suo pensiero è quello di non farsi scappare il libretto sugli uccelli di Whistler che, ne è certo, o lo condurrà da Michael o condurrà Michael a lui. Il generale della Compagnia scopre che la scheda non è quella originale ed, incolpando Gretchen, ordina che venga uccisa. Sarà un nuovo killer ad eseguire l'ordine: Wyatt Mathewson, che dovrà ritrovare la scheda originale e spazzare via tutti coloro che hanno avuto a che fare con Whistler. Mahone convince Michael a parlare con Whistler per sapere dov'è Sara. Whistler gli rivela che questa ha acquistato un biglietto per Chicago e che, in realtà, egli lavora per l'FBI per smantellare la Compagnia e per farlo deve accedere alla scheda, chiamata Scylla, che contiene il libro nero della Compagnia. Michael deve aiutarlo a trovare il luogo dove viene tenuto il computer in grado di decriptarlo e nel libretto sugli uccelli vi erano importanti informazioni che lo avrebbero aiutato a trovare tale luogo, ma in quel mentre Whistler viene colpito a morte da Wyatt. Mahone e Michael sono costretti alla fuga e Scylla torna nelle mani del generale. Lincoln, che si trova a Panama con Sofia e L.J., viene arrestato per aver ucciso un membro della Compagnia che, a sua volta, lo stava inseguendo per ucciderlo. Wyatt si reca a casa dell'ex moglie di Mahone e, per farlo uscire allo scoperto, uccide suo figlio. Quando l'ex agente dell'FBI ritorna dalla sua famiglia viene fermato dai poliziotti che gli impediscono di entrare e viene arrestato in quanto ricercato. Anche Michael viene arrestato, l'agente della Sicurezza Nazionale Donald Self, tuttavia, gli propone un'alternativa a 15 anni in prigione: lavorare per lui per smantellare la Compagnia. Per questo occorrerà recuperare e decriptare Scylla, progetto a cui stava lavorando da anni anche suo padre, Aldo Burrows. Lincoln potrà aiutarlo perché l'FBI ha stretto un accordo con le autorità panamensi per fargli scontare la pena negli Stati Uniti. Bruce Bennett, l'amico di famiglia di Sara, che già aveva aiutato Michael in passato, paga la cauzione per i fratelli e li porta da Sara, che si era rifugiata da lui. Sara e Michael sono felicemente riuniti e la donna mostra al compagno gli abusi subiti a causa della Compagnia. All'inizio Micheal e Lincoln non accettano la proposta di Don Self, ma quando Wyatt prova nuovamente ad ucciderli, i due fratelli si ricredono perché in ballo c'è anche la loro vita. Viene così formata una squadra formata da Michael, Lincoln, Sara, Mahone, Bellick e Sucre. A tutti vengono date nuove identità, rammentandoli di non provare a scappare, e Michael, conscio che non tutto si può nascondere, si sottopone al trattamento laser per rimuovere il suo peculiare tatuaggio.