Una gallina nella tana del lupo

Raina implora "Il Dottore" di renderle l'Obelisco affinché possa salvarsi la vita consegnandolo a Whitehall, ma questi rifiuta, la caccia via e, in preda alla rabbia, massacra due criminali che lo avevano pagato per estrarre una pallottola da uno di loro. Nel frattempo Simmons scopre che l'intenzione dell'HYDRA una volta impossessatasi dell'artefatto sarebbe di sfruttarlo per creare un'arma biologica, dunque manda un messaggio cifrato a Coulson venendo però vista da Raina che, disperata, decide di ricattare l'uomo minacciando di mandare a tutti i computer dell'HYDRA una foto compromettente di Simmons a meno che non le venga consegnata Skye affinché la porti da suo padre (sperando così di ritornare nelle grazie dell'uomo). Coulson tuttavia rifiuta l'offerta, la copertura di Simmons viene compromessa e, di conseguenza, la scienziata si trova a dover sfuggire a un furibondo Bakshi in testa ad un manipolo di soldati dell'HYDRA. Viene però inaspettatamente tratta in salvo dall'apparentemente spietata responsabile della sicurezza della base, Bobbie Morse, che si rivela a sua volta una infiltrata dello S.H.I.E.L.D.. In preda al panico Raina implora la protezione dello S.H.I.E.L.D. e Coulson, in tutta risposta, le mette un microtrasmettitore sottocutaneo al fine di soccorrerla qualora Whitehall l'aggredisse; inoltre si fa rivelare il luogo in cui si nasconde "Il Dottore", cosa che spinge Skye a recarvisi rinvenendo le sue ultime due vittime. Atterrita e in lacrime la ragazza lo definisce un "mostro" ignara del fatto che egli la stia ascoltando attraverso una telecamera in un misto di rabbia e dolore. Tornati al Parco Giochi, Simmons si ricongiunge a Fitz, Bobbie (che si scopre essere l'ex-moglie di Hunter) si unisce al team e Coulson mette Skye al corrente dei sospetti che la sua mancata reazione al G.H.325 possa indicare origini aliene, inoltre le mostra finalmente i graffiti che ormai incide da mesi. Skye, dopo un unico sguardo, capisce si tratti di una mappa.