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核爆弾テロから3年。ジャックは本格的にCTUに復帰し、工作部門を率いていた。相棒は若くて優秀な部下チェイス、さらに娘のキムも今やCTUの一員だ。ジャックは、1年にもおよぶ苛酷な潜入捜査の末、ついに中南米の麻薬王ラモン・サラザールの逮捕に漕ぎつけた。だが、その代償としてジャックの身体は麻薬に蝕まれ、中毒状態となっていた……。