新たなる暗雲

科学忍者隊の働きによりギャラクターは壊滅し、世界には束の間の平和が訪れていた。しかしエゴボスラー伯爵率いる悪の組織エゴボスラー・ファミリーが、世界征服を狙い活動を開始。圧倒的な武力によって、世界を蹂躙していった。エネルギーの切れつつあるジョーを残し、忍者隊はニューゴッドフェニックスで出動するが…。