"何を守るかじゃない、誰を守るかだ。"

亡国のイージス

ある日、東京湾沖で訓練航海中だった最新鋭のイージス艦“いそかぜ”が乗っ取られるという重大事件が発生。それは、副長の宮津と某国対日工作員ヨンファが共謀して引き起こしたものだった。すでに艦長は殺害され、乗務員たちも強制的に退艦させられる。さらに宮津は政府に対し、全ミサイルの照準を東京・首都圏内に合わせたことを宣言。しかもその弾頭には、わずか１リットルで東京を壊滅させる特殊兵器“GUSOH（グソー）”が搭載されていた。一方、政府が対応に手間取る中、艦の構造を熟知している先任伍長の仙石が単独で艦を取り戻しに向かう。