Soffitti sconosciuti

Shinji si risveglia in un letto d'ospedale, senza più alcun ricordo di quanto è avvenuto durante la lotta contro l'Angelo Sachiel svoltasi la sera precedente. Il padre Gendō, che continua a mantenere nei suoi confronti un gelido distacco, delega a Misato il compito di fargli da tutrice legale. La donna — che si rivela essere la direttrice del Reparto Operativo della Nerv — lo accoglie nel proprio appartamento, nella periferia di Neo Tokyo-3. La sera del suo arrivo, sdraiato nel letto della sua nuova stanza con le cuffiette alle orecchie, a Shinji torna di colpo alla mente tutto quello che è accaduto il giorno prima. L'Eva era stato rapidamente sconfitto dall'avversario e Shinji si trovava svenuto al suo interno quando questi ha iniziato all'improvviso a combattere autonomamente in modalità Berserk, annientando l'avversario.