Seele, il trono dell'anima

La prima parte dell'episodio è un riassunto sotto forma di relazione di Gendō alla Seele, che ripercorre tutte le vicende accadute fino a questo punto. Nella seconda parte Ritsuko conduce un esperimento per determinare se i piloti possano alternarsi alla guida degli Evangelion, pilotando mecha diversi da quelli che sono loro normalmente assegnati. Rei riesce a sincronizzarsi abbastanza bene con l'Unità 01, ma quando Shinji cerca a sua volta la sincronizzazione psichica con l'Eva 00, questi va nuovamente in berserk, in maniera identica alla precedente attivazione non riuscita che ha avuto luogo poco prima dell'arrivo di Shinji a Neo Tokyo-3. L'Unità 00 attacca l'hangar d'osservazione distruggendone la finestra, con la netta intenzione di voler uccidere Rei; mentre Ritsuko ritiene che l'Eva stesse cercando di colpire lei stessa.