Nell'oscurità immobile

L'intera rete elettrica di Neo Tokyo-3 salta improvvisamente, costringendo Misato e Ryōji a rimanere bloccati all'interno di un ascensore mentre i tre children dall'esterno non riescono più ad entrare nella base. Il personale della Nerv, sotto la guida di Ritsuko, cerca una soluzione, quando appare Matarael; l'Angelo inizia a farsi strada verso il centro del Geofront utilizzando un acido corrosivo. Shinji, Rei e Asuka tentano di ritornare al Central Dogma attraverso i condotti d'areazione, in un labirinto di corridoi e condutture cieche. Gendō intanto dà l'ordine di attivare gli Eva coi comandi manuali, fiducioso che i piloti sarebbero riusciti ad arrivare in tempo, e infatti, appena giunti, i ragazzi salgono a bordo dei mecha e partono per la battaglia. Mentre Rei recupera il fucile sfuggito di mano all'Unità 01, Asuka difende col proprio Eva Shinji dall'acido corrosivo di Matariel, permettendo al compagno di fare fuoco ed annientare così il nemico.