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Matt Burns, un blogger politico che ha accusato l'NCIS di voler insabbiare l'omicidio di un giovane ufficiale della marina (Rod Arnett), viene spinto giù da un ponte. In precedenza il blogger aveva accusato l'ufficiale di Insider trading. L'NCIS, indagando sull'incidente automobilistico che ha ucciso Arnett, ha concluso che si è trattato veramente di un incidente; dopo la morte di Burns, la squadra riapre il caso per riesaminarlo, per scoprire se le dichiarazioni del blogger sono vere. Quando l'agenzia riesuma la salma dell'ufficiale per degli esami, scopre che il corpo è stato trafugato. Indagando, la squadra scopre che Arnett forniva informazioni commerciali al proprietario di una paninoteca con cui non aveva nessun contatto se non quello di prendere il treno insieme la mattina: i due avevano guadagnato due milioni di dollari che si sarebbero spartiti. Dopo la morte di Arnett, spaventato dalle false dichiarazioni pubbliche del blogger, il negoziante gli aveva dato appuntamento in strada e lo aveva ucciso. Ziva dice a Gibbs che si è dimessa dal Mossad e gli chiede di assumerla come agente dell'NCIS, non come agente di collegamento.