Parte 1

Giovanni Auditore viene mandato a sventare un piano ai danni del suo signore Lorenzo de' Medici e a fermare Rodrigo Borgia. Mentre Giovanni combatte contro le guardie, Borgia riesce a fuggire, ma l'Assassino riesce a catturare una delle guardie e, dopo averla torturata alla ruota dal Gonfaloniere Uberto Alberti, scopre che Borgia e i suoi scagnozzi vogliono uccidere il duca di Milano, Galeazzo Maria Sforza. Giovanni viene mandato di corsa a sventare l'attentato, ma arriva troppo tardi per impedire il brutale omicidio del duca. Giovanni osserva i suoi due figli maggiori giocare a scacchi e rivela a Ezio che per vincere bisogna sempre anticipare l'avversario. Nella sua stanza segreta Giovanni rivela che con la morte di Sforza, Lorenzo de Medici ha perso un potente alleato e che i suoi nemici stanno tramando nell'ombra; egli però sa già dove dirigersi per combattere la sua prossima battaglia: lanciando in aria una moneta con l'effigie del leone di San Marco, infatti, Giovanni Auditore svela che la sua prossima destinazione sarà Venezia.