Solo personale autorizzato (1)

Sydney, Vaughn, Jack e Dixon vengono reclutati da una sezione occulta della CIA che ha come capo nientemeno che Sloane. La prima missione è quella di recuperare un isotopo prima che questo finisca nella mani sbagliate. Nel frattempo, la riconciliazione fra Sydney e Vaughn è messa in dubbio, sebbene Lauren sia morta. Sydney ha scoperto un segreto del padre Jack che potrebbe minacciare la loro relazione.